北京中医药大学创建于1956年。是中华人民共和国最早成立的高等中医院校之一，是唯一一所进入国家“211工程”建设的高等中医药院校。2000年7月31日，原北京中医药大学与原北京针灸骨伤学院正式合并，组成新的北京中医药大学，并成为直属国家教育部管理的重点大学。
新的北京中医药大学分东、西两校区，东校区为原北京针灸骨伤学院校区，西校区为原北京中医药大学校区，校本部设在西校区。全校占地面积共计25.3万平方米，总建筑面积27.7万平方米。主要任务是培养德、智、体全面发展的高层次创新型中医药人才和管理人才。建校以来，已为国家培养了12458名中医药专门人才，为世界87个国家和地区培养各类中医药学历教育人才2049名。在办学层次、学科门类、科学研究、医疗水平、办学效益、对外合作等方面居于全国中医药院校的前列，是我国培养高层次中医药人才、解决中医药重大科技问题、防治重大疾病和现代难治病的重要基地,为中医药事业的发展做出了巨大贡献，已经成为在国内外享有盛誉的集教学、科研、医疗、产业四位一体的中医药高等学府。
北京中医药大学具有雄厚的师资力量，现有教职工2690人（校本部1118人），具有高级专业技术职务者622人；校本部专任教师430人，其中具有高级专业技术职务者占61%，具有硕士以上学位者占46%；有博士生导师122名，形成了一支以国内外著名专家学者和国内有影响的中青年教授为主的师资队伍。
学校现有全日制在校生8980名，其中本专科生7428名（国内学生6271名，留学生758名，台港澳学生399名），硕士研究生958名（国内学生687名，留学生137名，台港澳学生134），博士研究生385名（国内学生346名，留学生17人，台港澳学生22名），境外进修人员209名。现有成人夜大、函授学员2953名，远程教育学生6031名。目前全校各类在校生达17964名，另有博士后研究人员22名。
学校现设有基础医学院、中药学院、针灸学院、管理学院、护理学院、国际学院、临床医学院、远程教育学院、继续教育学院及骨伤系、文法系、研究生部、台港澳中医学部、高职部、体育部等教学机构；设有教育技术中心、图书馆、信息中心、中药博物馆、医史博物馆等公共服务体系和教辅机构。学校致力于构建面向新世纪的以高层次教育为主体的人才培养体系，目前设有中医学、中药学、制药工程学、针灸推拿学、公共事业管理（卫生事业）、工商管理（中药企业）、英语（医学）、法学（医药卫生）和中医护理学9个专业。其中中医学七年制含中医临床方向、临床科研方向、中西医结合方向、针推对外交流方向、中药方向、医院管理方向等9个培养方向班，分别与南开大学、清华大学、对外经济贸易大学、北京师范大学和中日友好医院等单位联合培养。
学校现有6个国家级重点学科，10个部局级重点学科，3个北京市重点学科，1个教育部重点实验室，1个教育部工程研究中心，是国家理科人才培养基地，国家生命科学与技术人才培养基地。学校是全国中医药院校中首批建立博士后科研流动站的单位之一，设有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研工作流动站。中医学、中药学、中西医结合3个一级学科具有博士学位授权，囊括15个二级学科博士学位学科授予点。
学校拥有较强的基础理论与临床医学科研力量，科研工作以承担国家级、部局级课题为主，曾多次获国家“攀登计划”及自然科学基金重点课题资助。北京中医药研究院以及5个独立或附设研究所，承担着国家级和部局级以上重要科研项目，每年都获多项成果奖，是中医药科学研究的重要基地。
创办于1958年的附属东直门医院是学校临床教学、科研基地。经过45年艰苦创业，已发展成为一所医教研力量雄厚、科室齐全、设备完善、综合服务能力强并具有中医专科专病特色的医院。附属东方医院于1999年12月12日开诊，已建设成一所环境优美、布局合理、设备先进、人才优化、医疗水平一流、中医特色突出、管理科学、具有综合服务功能的国家级现代化的综合性中医医院。
近几年来，学校先后与17个国家和地区建立了40多个合作关系，与18个国家和地区的大学及学术团体合作开办了教学分院、医院、门诊部、函授教育或联合办学。今年我校成功主办了首届国际中医药教育研讨会。
建于1958年的药厂拥有雄厚的技术力量、齐全的生产设备和先进的工艺技术，现已通过GMP认证。其拳头产品“清开灵注射液”自1992年以来连续三次被审定为全国中医医院急诊首选必备药品。
为了实现学校在新世纪的腾飞，突出学校的办学特色和办学优势，在全国中医药院校中起到示范和辐射作用，在全国高等教育领域发挥特色、体现对外窗口效应，并进一步扩大中国教育体系的国际影响，目前学校经结构布局战略性调整，正在教学、科研、医疗和内部管理体制改革诸方面，开展全方位的卓有成效的尝试与实践。
随着改革开放的深入，北京中医药大学正加快发展步伐，主动适应国家经济建设和社会发展的需求，培养具有21世纪水准的高层次复合型创新性中医药人才，为把学校建设成具有国际影响的国内一流的特色性研究型开放式大学而奋斗。
